Hace 15 millones de años las aguas marinas se retiraron de esta región gracias a movimientos geológicos que formaron las montañas importantes de Chiapas, entre ellas, las montañas del Cañón del Sumidero, las cuales comenzaron a sufrir la disolución y erosión a causa de la misma agua, aquí nació el Cañón y comenzó su formación la cual continua en la actualidad.
El Cañón como tal comenzó a formarse hace 70 millones de años gracias a la acción de movimientos tectónicos llamados Horts-Graben; los cuales, por sus características de movimiento de masa de tierras, son llamados pilar tectónico y fosa tectónica respectivamente.